En Puerta de África valoramos la igualdad de oportunidades, la democracia y los procesos de liderazgo colaborativo. Por ello, nuestra estructura es bottom-up. La Junta Directiva sirve como administradora e impulsora de programas y proyectos. Sin embargo, se encuentran a disposición del núcleo de colaboradores para servir como facilitadores en sus iniciativas. Trabajamos para que todos los asociados tengan una voz contundente en los procesos de la asociación y se adueñen del proyecto. De igual manera, nuestra intención es asegurar que los jóvenes afrodescendientes encuentran espacios de liderazgo, muchas veces negados en la sociedad, por lo que impulsamos un Plan de Igualdad Étnica y de Género. La estructura invertida en el organigrama busca reflejar la voluntad de servicio de los cargos directivos.